2013年2月6日，工业和信息化部、国家发展和改革委员会、财政部、国家税务总局联合发布《关于印发〈软件企业认定管理办法〉的通知》（工信部联软[2013]64号）。《通知》明确软件企业的认定条件及程序自2013年4月1日起实施。

　　《软件企业认定管理办法》规定了各省级软件企业认定主管部门对申请认定企业的软件产品开发销售（营业）情况、技术研发能力情况、质量保障能力情况、知识产权情况、企业管理情况等进行评审；对软件企业认定实行年审制度。未年审或年审不合格的企业，即取消其软件企业的资格，不再享受财税[2012]27号文第三条规定的两免三减半优惠政策； 对2011年1月1日前完成认定的软件企业，在享受企业所得税优惠政策期满前，仍按信部联产[2000]968号文的认定条件进行年审，优惠期满后按照新的管理办法重新认定，但不再享受有关鼓励政策。