《内蒙古自治区地下水管理办法》自2013年10月1日起施行。内蒙古今后对地下水实行总量控制和水位控制管理。新建、改建、扩建的高耗水工业项目，禁止擅自使用地下水。食品、制药等项目，经有管理权限的水行政主管部门批准后可以取用地下水。

　　自治区对地下水实行总量控制和水位控制管理。各行政区域内年度开采地下水总量不得超出批准的地下水开采总量控制指标。地下水超采地区和重要地下水水源地年度开采地下水总量不得超出批准的地下水开采总量控制指标，地下水水位不得低于水位控制指标。

　　自治区对取用地下水的建设项目实行水资源论证分级审批。三项水资源论证报告，由自治区政府水行政主管部门负责审批。包括工业年取用地下水300万立方米以上的;农业、生态年取用地下水1000万立方米以上的;自治区政府或者其投资主管部门审批、核准或者备案的建设项目。

　　条例特别规定，未经有管理权限的水行政主管部门批准，对水质有特殊要求的企业擅自使用自备井的;未按照要求安装地下水监测设施的，由旗县级以上人民政府水行政主管部门责令限期改正;逾期不改正的，处以1万元以上3万元以下罚款。