跨区域总分机构包括跨省市总分机构和跨区县总分机构。跨省市总分机构企业所得税征管，按《财政部、国家税务总局、中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法〉的通知》（财预〔2008〕10号）规定的“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”办法执行，即总分机构统一计算应纳税额，25%由总机构就地缴纳，总机构所在地参与分享；50%由总机构按各分支机构经营收入、职工工资和资产总额三因素确定的分摊比例通知分支机构预缴，分支机构所在地参与分享；25%作为待分配收入由总机构缴入中央金库，由中央按各省市前三年企业所得税占比分配并调库。鉴于我市总部经济尚不发达，为激励区县在招商引资过程中发挥主观能动性，对地方分享的40%所得税就地预缴企业所得税地方分享部分，按我市现行财政管理体制由市与区县（自治县）共享。市内跨区县总分机构企业所得税征管，考虑到我国企业所得税法法人纳税的立法精神，为简化企业纳税程序，提高税务机关征管效率，除烟草公司、农村商业银行继续维持原有征管及入库方式外，其余由总机构统一计算、汇总缴纳，由总机构所在区县按现行财政管理体制参与分享。同时，为防止区县收入陡降进而影响到收支平衡，对2008年单个分支机构企业所得税区县级分享超过50万元以上的，由当地财政、税务部门联合向市财政局申请，市财政局会同市国税局、市地税局核定划转基数后，通过每年年终结算在总分机构所在地财政之间进行划转。