在《环境保护法修正案（草案）》一审稿向社会公布2个多月后，该法案的主要执法部门国家环保部以公开方式表达了多达34条反对意见。这在中国既往的法律修订过程中较为罕见。
此次发布不同意见前，环保部作了充分的准备。环保部先后召开省级环保部门、县市级环保部门、企业代表、环保专家、环保组织代表等各类座谈会，并通过环保部门户网站和《中国环境报》等平台，组织讨论，征求系统内外意见。
在该法案修订已被立法机关确定为“有限修改”的前提下，环保部较为激烈的反对意见，引起环保界人士的高度关注。
34条意见附录如下：
社会各界和环保系统关于《环境保护法修正案（草案）》的具体建议
一、需要补充的环境管理制度和措施（10项）
1、保障公众环境权益
2、跨部门、跨区域的环保协调机制
3、乡镇政府的环境管理
4、政策制定过程的环境影响论证
5、环境质量状况评价指标体系
6、环境功能区划、生态功能区划
7、污染物总量控制与环境质量管理
8、排污许可、排放指标交易
9、环境保险、绿色信贷、环境税等经济政策
10、生态补偿机制
二、需要完善的环境管理制度和措施及相关规定（14项）
1、环境标准：由草案规定的“环保部门会同有关部门制定”，恢复为现行法律关于“环保部门制定”环境标准的规定。
2、环境基准：建议表述为“国家鼓励开展基准研究”，或者表述为“环保部门组织制定环境基准”。
3、环境监测：由草案规定的“环保部门会同有关部门制定监测制度和规范”，恢复为现行法律规定的“环保部门制定监测制度和规范”。
4、环境信息发布：补充规定县级以上地方环保部门统一发布本辖区环境信息。
5、环保规划：建议恢复和保留现行法律第四条关于“国家制定的环境保护规划必须纳入国民经济和社会发展规划”的规定；或者将草案中“根据国民经济和社会发展规划编制环保规划”，修改为“环保部门会同有关部门，与国民经济和社会发展规划纲要同步编制国家环保规划”。
6、总量控制指标分配：由草案规定的“由国家发改委提出”，按照历史和现实，改为“由环保部提出”，从而维护国家现有的环保工作格局，保持总量控制工作的一致性。
7、排污收费：现草案中“征缴费用”的表述不准确，改为“缴纳排污费”或“缴纳环境税费”。关于排污费的使用方向，增加用于监察、应急等能力建设。
8、“三同时”：一是将建设项目“污染防治设施”，改为“环境保护设施”；二是删除擅自拆除、闲置污染防治设施只有“超标”才能处罚的限制条件。
9、限期治理：删除限期治理计划的规定，并明确限期治理后的法律后果。
10、现场检查：删除检查内容的规定，留待部门规章和规范性文件中规定。
11、环境应急：明确和突出企事业单位的主体责任。
12、土壤环境保护：增加污染场地再开发利用的环保规定；增加污水处理厂污泥处置的规定。
13、国际合作：增加环境保护国际合作原则和国内履约的规定。
14、生态保护：修改“环境”的定义，适当扩展和包容部分先前没有纳入的环境要素；增加生物多样性保护、生物安全的内容；增加自然保护区、风景名胜区内环境保护和污染控制的内容。
三、关于法律责任部分的修改建议（10项）
关于《环境保护法》中法律责任部分的修改，应当注意处理好适用对象和适用规则两个基本问题，从两个方面进行合理设计和安排。
第一，避免重复性规定：针对企业事业单位的常见环境违法行为，由于各专项环保法律中对其法律责任已有具体规定，《环境保护法》无需作重复性的规定。
第二，补充通用性处罚规则：作为环境保护领域的基本法律，《环境保护法》的法律责任部分应当主要规定通用性处罚规则，这些规则同时也应当是对各专项环保法律中的法律责任部分的补充性规定。
建议在法律责任部分补充以下10个方面的通用性处罚规则：
1.“双罚制”：不仅处罚违法企业，而且处罚企业负责人和其他责任人员。
2.按日计罚：针对连续性环境违法行为的“按日计罚”规则。
3.生态损害：明确将生态损害纳入环境污染损害的赔偿范围。
4.民事责任形式：补充环境污染损害的民事责任承担方式，明确恢复原状、生态修复、环境功能替代等责任形式。
5.举证规则：明确环境污染损害诉讼中的举证责任倒置规则。
6.损害评估鉴定：增加环境污染损害的评估鉴定机制。
7.环境公益诉讼：根据新修订的《民事诉讼法》关于公益诉讼的授权性条款，明确规定有关环保机关和社会组织针对损害环境公共利益的行为，提起环境公益诉讼的资格。
8.行政强制措施：根据《行政强制法》的有关规定和环境执法监管的实际需要，增加对某些重大环境违法行为，实施查封、扣押等强制措施。
9.治安处罚：根据《治安管理处罚法》有关破坏环境行为的条款，作出衔接性的规定。
10.环境犯罪：根据《刑法修正案（八）》关于严重污染环境犯罪行为的条款，作出衔接性的规定。
