黄浦江及上游水域死猪漂浮事件发生后，农业部高度关注，并迅速派出调查组赴浙江、上海实地了解情况，督导、协调处置工作。同时，农业部发出通知，要求各地畜牧兽医部门切实加强动物防疫工作，防止发生区域性重大动物疫情；严格监督做好检疫不合格动物、动物产品的无害化处理工作，严防病死动物进入市场。

    3月14日，国家首席兽医师于康震带领农业部督导组赴浙江，督促指导地方科学开展处置工作。